住在小匙鎮(zhèn)的主角在隔壁學(xué)姐妮莫的帶領(lǐng)下前往學(xué)院上學(xué)時，突然遇到了掉到海邊的神秘寶可夢，而之后又遇到了將那只神秘寶可夢托付給主角的學(xué)長派帕。在學(xué)校生活期間，主角先被妮莫慫恿去挑戰(zhàn)道館館主和寶可夢聯(lián)盟。之后，派帕又因為翻閱了書籍得知了傳說中的調(diào)味料的秘密，去請求主角幫助他打倒寶主寶可夢以獲取傳說中的調(diào)味料。其間，主角還接到了一名稱為“仙后”的神秘人物的來電，那個自稱“仙后”的人要求主角參加瓦解學(xué)校的麻煩集團天星隊的“星塵大作戰(zhàn)”。就當(dāng)主角猶豫于這些請求的時候，在第零區(qū)進行研究的博士也突然聯(lián)系到校長克拉韋爾，主角也得知那只神秘寶可夢是來自第零區(qū)的寶可夢。博士希望主角能照顧好它，但卻始終未直接出現(xiàn)于主角面前。幾天后，學(xué)院也開始了著名的課外活動，校長稱這一活動的主題是“尋寶”，所有的學(xué)生可以去自由的尋找自己心目中的“寶物”，但絕對禁止接近帕底亞巨坑——因為那里只有研究人員可以進入。于是，主角和那只神秘寶可夢一起，沿著自己的夢想在帕底亞地區(qū)完成各個人物托付的任務(wù)。但在傳說中的調(diào)味料收集完畢后，博士卻突然邀請主角前往第零區(qū)尋找“寶物”，而派帕也為了尋找自己長期不露面的家人而決定拉上主角的幾名同學(xué)一同前往巨坑，但是隨著眾人到達第零區(qū)，“寶物”的秘密才被揭開，而博士從不露面的原因，卻來自一個更加殘酷的事實……
